Nel 1919, su iniziativa di due giovani, Giulio Bucciarelli e Alessandro Cameroni, nasce il Como Water Polo Club. La squadra si allena presso le Terme Comensi, nell’acqua del lago, cosa che limitava la stagione agonistica da maggio a settembre. Negli anni venti, il club viene “affiliato” dalla Ginnastica Comense, con la cui divisa Luciano Trolli prende parte ai Giochi di Amsterdam nel 1924, specialità 200 metri rana. La società ha sede presso la Canottieri Lario e, poi, nella palazzina che ospitava il Reale Automobile Club d’Italia, oggi sede dello Yacht Club Como.

Quando l’area del borgo di San Giorgio viene riorganizzata, a seguito della costruzione (nel 1927) dello Stadio Giuseppe Sinigaglia, le Terme Comensi vengono smantellate e l’attività pallanuotistica si trasferisce sulla sponda opposta del lago, in viale Geno, presso i Bagni Margherita.
In cambio dell’ospitalità, gli atleti si esibivano in spettacoli natatori e di tuffi, svolgendo anche servizio di salvataggio qualora necessario.

Nel 1926, un atleta della Comense, Giuseppe Mazza, si laurea campione d’Italia nei 200 metri rana, imitato poi da Ernesto Manzoni, presente anche al Campionato mondiale universitario dal 1927 al 1930. Vinse cinque volte il titolo tricolore nei 200 rana. Ai giochi del 1928 è presente invece Antonio Conelli, in gara nella staffetta 4×200.

Negli anni trenta la zona di viale Geno viene riorganizzata, anche a seguito di un incendio e della demolizione del quartiere della Cortesella, le cui macerievengono smaltite nel lago. In luogo dei Bagni Margherita venne costruito il Lido di Villa Geno, struttura ancora oggi esistente e sede definitiva del sodalizio. Allo stesso periodo risale il distacco dalla Comense e l’assunzione della denominazione Como Nuoto.

Presidente è Oscar Castagna, vice presidenti Giulio Bucciarelli e Alessandro Cameroni.

Il simbolo della società è un cavalluccio marino, che verrà sostituito solo qualche anno più tardi dalla rana dei nostri giorni. Sembra che il nuovo stemma sia stato disegnato da Camillo Broffoni, caricaturista comasco emigrato a Parigi e vignettista per Paris-Soir. Durante la seconda guerra mondiale, stante la requisizione del Lido ad opera della Wehrmacht, la Como Nuoto fu ospite della Canottieri Lario e, dopo il 1944, del piroscafo “Italia”, dismesso dalla Navigazione Laghi per via dell’età, il quale viene ormeggiato davanti Villa Olmo e, poi, spostato sul ramo opposto. Subito dopo la fine della guerra, verrà utilizzata provvisoriamente una baracca militare tedesca, requisita e poi ceduta alla società per interessamento di un dirigente del Comitato di Liberazione Nazionale di Milano, Oreste Gementi. E, nel 1946, un atleta della Como Nuoto, Enzo Bianchi, si laurea campione italiano nei 200 rana.

Fu nel 1950 che il Comune concesse alla società la disponibilità della punta di Geno, per erigervi la nuova sede, inaugurata il 12 luglio 1951 alla presenza di Luigi Rovelli, presidente della Como Nuoto nonché vicesindaco della città e del presidente del C.O.N.I. Alberto Bonacossa.

Sino agli anni settanta l’attività si svolgeva interamente nelle acque del lago.

L’idea (e le possibilità) di costruire una piscina arrivarono solo più tardi. Fu realizzata infatti nel 1972, mentre al 1979 risale lo spazio esterno alla sede della società comasca fu di nuovo promossa nel 1986-1987, salendo per la prima volta nella sua storia in Serie A1, per retrocedere però immediatamente.

Nel 1992-1993 le rane si aggiudicarono il campionato di Serie A2 e cominciarono cinque stagioni consecutive di massima serie. In questi anni arrivò anche il primo trofeo internazionale, quando nel 1994-1995 la Como Nuoto si aggiudicò la Coppa COMEN. In quell’anno viene fatto registrare il miglior piazzamento di sempre in Serie A1, l’ottavo posto, bissato nel 1996-1997. Nelle giovanili si forma in quegli anni Lorenzo Vismara, che diverrà poi un affermato nuotatore.

La retrocessione del 1997-1998 segna l’avvio di un lungo periodo di permanenza in Serie A2 per il club. In estate, il portiere Marco Gerini, già nel giro della Nazionale, viene ceduto a Roma.

In diverse occasioni i comaschi sfiorarono la promozione in A1, collezionando cinque piazzamenti al 3º posto. Poi, nel 2009-2010, dopo 25 anni consecutivi di permanenza in Serie A1 o A2, la Como Nuoto retrocede in Serie B.

Il ritorno in A2 avviene dopo una sola stagione, grazie alla vittoria del girone B e al successivo spareggio contro i genovesi dell’Andrea Doria, nel quale i lariani s’impongono in entrambe le partite, conquistando la promozione. Nel 2011-2012 ha chiuso il campionato di Serie A2, girone Nord, al 6º posto, sfiorando la qualificazione ai play-off.

Qualificazione che arriva nella stagione seguente, grazie al 1º posto in regular season, alla quale segue la promozione in Serie A1.

Dopo aver superato in semifinale la Telimar Palermo, la vittoria in finale contro il Catania consente alla Como Nuoto di ritornare nella massima divisione dopo 15 anni.

La stagione 2013-2014 inizia ospitando il girone Nord della Coppa Italia 2013-2014, comprendente anche Savona, Nervi e Cagliari.

Le partite sono state disputate alla Piscina olimpica e hanno visto la qualificazione dei padroni di casa alla seconda fase. Il Como termina la stagione regolare al 7º posto, miglior risultato di sempre in massima serie.